В 1993 году РЦПКБ «Стапель» становится открытым акционерным обществом.
Не смотря на колоссальные трудности, в 90-е годы проектное бюро продолжает работу над проектами модернизации и реновации судов различного назначения. Разрабатываются бассейновые планы ликвидации аварийных разливов нефти, технологические карты на выполнение подводно-технических работ.